庆云县中医院是一所以中医特色为主、中西医结合的综合医院，现有临床科室内科、外科、妇科、儿科、急诊科、治未病科、针灸科、推拿科、口腔科、麻醉科、检验科、医学影像科等科室；建有智慧中药房、百级手术室、数字胃肠镜室等多个功能科室，同时引进医院引进高端彩超、磁共振、CT、DSA（数字化减影血管造影技术）、胃镜、肠镜、远程心电、中医CT、中医四诊仪、冲击波治疗仪、红外线治疗仪、中频电治疗仪、超短波治疗仪、中医熏蒸治疗仪等先进的设备，为诊疗服务提供了硬件支撑。科室建设和技术支撑齐头并进，飞速发展。
特色科室有：
内一科开展传统毫针、结构针灸、推拿、拔罐、穴位贴敷、耳穴压豆、浮针、小针刀、内热针、督灸、隔物灸、雷火灸、中药熏蒸、蜡疗等中医特色技术。
内三科在“补肾活血理论”、“醒脑开窍理论”、“浊毒理论”，“五运六气理论”的等传统经典理论指导下，综合运用中药、针刺、艾灸、推拿等各种中医特色疗法，整体辨证治疗。
治未病科从传统医学角度为就诊者提供健康评估服务，进行中医特色健康干预，并定期对相关人群进行中医治未病的健康宣教，以达到“未病先防，既病防变，愈后防复”的目的。
康复理疗科坚持“以病人为中心”、“系统分析、整体康复”的原则，将现代康复技术、临床医学与传统中医学紧密结合，为每一位患者制定个性化康复治疗方案。